1894 年底，日本奪取旅順口後，發話可以和談。
兩名中國代表準備赴日。啟程之前他們於 1895 年 1 月 5 日覲見慈禧和光緒。之後慈禧又送去一道諭旨，特別莊重地「用黃紙書之」，令使者：「如日本所請於國體有礙，及中國力所不逮者，皆不許擅許。凜之，慎之。」
兩名使者到達日本時，正值北洋海軍基地威海衛失守。
海軍曾數度接到電旨，要求他們在萬不得已時沉船，「總之萬不可以我船資敵。」可是官兵拒絕服從命令。許多人跪下向丁汝昌求情，要他帶領他們投降，不能沉船，以免日本人為沉艦而殺害他們。面對這樣的壓力， 1895 年 2 月，丁汝昌簽署了投降書，把北洋十艘軍艦，包括一艘鐵甲艦，悉數交給了日本，然後吞鴉片自盡。
至此，中國海軍主力北洋艦隊覆滅。日本勝利者輕蔑地說：「中國如死豬臥地，任人宰割。」東京不接受兩名和談代表，要李鴻章前來。
慈禧意識到和談不會有能接受的結果。 2 月 6 日，她召見軍機大臣，一開頭就說日本「勢難遷就」，應該「撤使歸國」，意思是繼續打。翁同龢記載，說這些話時，她「辭色俱厲」。以恭親王為首的軍機大臣「囁嚅委婉」地「勸慰」：「不可決絕」。
她堅持要打。
第二天，她召見準備代理李鴻章任北洋大臣、直隸總督的王文韶，王見她「憂憤形於辭色」。王在日記裡寫道：慈禧反復叮囑他，要他告訴官兵皇太后決心打下去，「不憚煩言，歷三刻許」，才放王走。王怕她還有話要說，就等在外邊，直到確定慈禧不再召見了才離開。慈禧以自己的名義給王一道諭令，要眾將士「各矢天良，力圖振作。果能奮勇爭先，殺賊立功，必有不次之賞。」
當時在南方做總督的張之洞，想法跟慈禧一樣，一再呼籲不能讓日本預設條件，應該不惜撤使再戰。慈禧給他發電報，要他幫助朝廷決策軍事。當張之洞委婉地向北京詢問有關資訊時，光緒給他來了個「休管閒事」的電旨：「北洋事務，自有專司，焉能事事飭南洋知之？所請著毋庸議。」
慈禧的話不算數。
決策的男人──光緒、恭親王和其他軍機大臣──都不想再戰，寧願接受日本的任何條件。他們怕的是日本攻進北京，推翻清王朝。光緒一想到他有可能逃亡，就「聲淚並發」，讓翁帝師「流汗戰慄，罔知所措」。
慈禧被迫同意派李鴻章去日本。她要軍機大臣叫李先來北京「請訓」。
恭親王生怕慈禧給李交代條件，使談判破裂，插嘴說皇上的意思是「不令來京，如此恐與早間所奉諭旨不符」。
慈禧生氣地說：「你們不是問我的意見嗎？那麼我可作一半主張」。
李鴻章來了。
2 月 25日，他和恭親王一道覲見慈禧，告訴她日本的條件是一定要割地：「非有讓地之權者不必派來」，而光緒已經決定在這個前提下派李鴻章前去。
翁同龢第二天日記寫道，慈禧堅決反對李鴻章在割地的條件下赴日，恭親王一再勸說，慈禧說：你們想怎麼辦就怎麼辦，不要再來問我！（「昨語割地達請東朝，大拂聖意」，「昨李鴻章所奏，恭邸所陳，大拂慈聖之意，曰：『任汝為之，毋以啟予也。』」東朝、聖、慈聖，都指慈禧。）當光緒還想問她，李鴻章可以割哪塊地給日本時，她派太監出來說，她生病了，不見，讓皇上自己決定。
李鴻章對光緒說：「割地之說不敢擔承」，「讓地不敢允」。光緒只好自己發指示。 3 月 3 日，他給李鴻章書面諭旨，又通過軍機大臣再次對李強調：「予以商讓土地之權。」割讓土地不僅是皇上的決定，也是全體軍機大臣的意見。這一天，軍機大臣集體上書慈禧，懇求她理解皇上：「現在勉就和局，所注意者，惟在讓地一節，若駁斥不允，則都城之危即在指顧。以今日情勢而論，宗社為重，邊徼為輕……」慈禧沒有答覆。光緒在慈禧宮外走來走去，想見她，得到她的認可。慈禧不見他，他只好「逡巡而退」。
4 月 8 日，日本的全部條件來了。要鉅款，要遼東半島，要臺灣（包括附近的澎湖列島）。臺灣，用張之洞上書的話說：「極關緊要」。它是帝國的「精華，地廣物蕃，公家進款每年二百餘萬，商民所入數十倍於此，未開之利，更不待言。」據翁同龢記，慈禧對光緒說：「兩地皆不可棄，即撤使再戰亦不恤也。」
當然，慈禧也沒有錦囊妙計，有的只是決絕的意志，承擔風險的膽量。
然而宮中的男人都不願冒險。
4 月 14 日，伊藤首相發出最後通牒，不答應條件就派十萬日兵直犯北京。皇上嚇壞了，下令馬上接受日本條件：「即遵前旨與之訂約」。 17 日，李鴻章和伊藤簽訂了馬關條約。日本拿走了垂涎的土地，再加賠款二億兩銀子。
甲午戰爭中光緒的表現使慈禧感到絕望。
光緒一度害怕慈禧因此廢了他，他派文廷式去見兩江總督劉坤一，請劉幫助「以遏慈禧擬行廢立之謀」。這一步慈禧沒有走。事實上她也很難走：包括恭親王在內的軍機大臣都站在光緒一邊。她只能對劉坤一大談「我甚愛皇帝」一類的話。
她後來對劉說：戰爭、和談時期，「我焦急太過，日晚則神識昏迷。」有太監時常見她獨自偷偷哭泣，感到她「心中無限之痛苦，咸流露於暗泣之中」，說慈禧是「天地間最痛苦之人」。
相較於中國 1842 年對英， 1860 年對英、法的兩次賠款，馬關賠款顯示出亞洲新強胃口既大又霸道。
英、法的索價──一次二千一百萬元洋銀，另一次一國八百萬兩銀子──或多或少跟他們的兵費和平民損失有關。馬關條約的二億兩銀子則跟日本的消耗毫無關係。戰爭開始時，日本全部國庫庫存三千萬，戰爭中出售國債八千萬，還未收齊。李鴻章在談判馬關條約時列舉的這些數字，伊藤並未質疑。
馬關條約雖然還未公布，內容已經傳遍全國，震驚朝野。
北京有數百名官員上書，要求皇上拒絕批准條約。
上書的還有一千多名從各省到北京來參加會試的舉人。這樣大規模的、異口同聲地說「不」，在中國歷史上恐怕是第一次。但是他們的慷慨激昂誠如赫德所說，是「空話，不作數的空話」。公眾輿論不像農民起義，對光緒沒有實質性的壓力；而日本則可能推翻大清統治。
出人意料，俄國、德國和法國出面干涉，要求日本把遼東半島還給中國，理由是占領它「將讓中國首都永遠受威脅」。
歐洲害怕日本控制中國。赫德寫道：「日本戰勝、統治中國，將建成世界上有史以來最大的帝國──最野心勃勃、最勇往直前、最強大……未來的二十世紀，小心點！」德皇威廉二世第一次使用「黃禍」一詞來描繪歐洲的夢魘：「整個中國、整個亞洲，都由日本統治。」
歐洲不能容忍日本占領中國，這使慈禧得出結論，日本進攻北京、推翻清王朝的可能性極小，日本還沒有條件挑戰歐洲。她希望光緒和大臣們能看到這一點，不接受馬關條約，重新和日本談判。 4 月 26 日，她要軍機大臣討論，並把討論結果告訴她。
大臣們和光緒一樣，在對日本強硬之前，他們要知道如果日本不接受要求，三國將會採取何種行動。他們發電報給三國，三國無回音。 23 歲的皇上「徘徊不能決，天顏憔悴」。軍機大臣沒人主張不批准條約，誰也不願負亡清的責任。大家都看著恭親王，儘管他無謀可出無策可畫，人又病得不輕。他的意見是批准。這和他的一貫作風一脈相承。
慈禧仍然堅持自己的立場，但態度起了些變化，不再強硬反對批准條約。（翁：「恭聞東朝猶持前說，而指有所歸。」）
5 月 2 日那天，光緒走出徘徊，決心批准：「上意幡然有批准之諭」。
翁帝師「於是戰慄哽咽，承旨而退」，和光緒在書房裡哭成一團。光緒想趕快了結， 5 月 8 日「催伍廷芳等在煙臺即日換約，遂於是夜子初換訖。」
簽訂、批准馬關條約，光緒選擇的是「一條最平安的路」，赫德認為，「事關一個帝國的命運呀！」但是對慈禧來說，馬關條約的代價過於高昂。
美國駐華公使田貝此時在中日間斡旋調解。
他既身臨了戰前的「好日子」，又目睹了戰後的黑暗深淵，寫道：「中日戰爭是中國末日的開端。」除了二億兩銀子的賠款，中國為了收回遼東半島，又額外付給日本三千萬兩銀子。（日本最終接受了歐洲三國的要求，歸還了遼東半島。）日本獲得的，相當於它四年的財政收入，外加大量軍艦等戰利品。
為了賠款，光緒在苛刻條件下從西方借了三億兩銀子。
過去三十年，中國外債總共只有四千一百萬兩銀子，到 1895 年基本還清。現在卻背上了巨石般沉重的包袱。清政府為償付賠款而舉借的外債連本帶利共六億多兩銀子，幾乎是 1895 年財政收入（一億零一百五十六萬七千兩銀子）的六倍。
這場滅頂之災，帳一向算在在慈禧頭上。
人們說她把建海軍的錢拿去造頤和園，導致戰爭失敗；說她一意主和；說她在戰爭期間不顧反對大辦六十大壽。
有人還捏造了句慈禧名言：「誰叫我一時不痛快，我就叫他一輩子不痛快。」事實上，沒有任何嚴肅的文史資料記載她說過這句話。中國的現代海軍是慈禧創建，她為了修頤和園從海軍拿的錢，並沒有對海軍建設產生根本性影響，甲午戰爭失敗與修頤和園無關。
一意求和的更不是她。宮廷中只有她一個人毫不含糊地主張拒絕日本的條件。
甲午戰敗、馬關簽約，責任歸根究底在光緒皇帝。他弱不禁風的肩頭承擔不起千鈞重擔。赫德當時慨嘆道：中國「沒有首腦──沒有強人」。
其實，那裡有一個女強人。但身為女人她不能做首腦，宮牆外也聽不到她的聲音。
一位頗有洞察力的法國人說：慈禧是「中國唯一的男子漢」。
這才是 1895 年紫禁城中的慈禧。
考據大量珍貴史料，包括宮廷諭旨、核心人物日記信件、外國皇室檔案、外交文件，以及當事人的回憶證言，還原慈禧執政的真實面貌，重新評論慈禧的功與過，是理解近代中國的傑作！
