京都當然不是一開始就是日本的首都、天皇所在的王城。
「天皇」本身就是中國舶來的漢詞，是在日本接受一定程度的「文明化」─ 也就是經過從中國傳來的先進文化洗禮後，才出現的專有名詞。日本固有對天皇的美稱叫「みかど（mikado）」，雖然漢字也寫成「帝」，但是它的發音和「御門」一樣。
也就是說，對天皇的尊稱來自於進入天皇宮殿、或是首都入口的大門，跟「殿下」、「陛下」是同樣的語源。
被稱為「御門」、也就是「帝」的大和族首長，過去當然也曾擁有像飛鳥京、平城京等首都。尤其是到了奈良時代的平城京，其都市規劃和建築風格已經完全以中國長安、洛陽等舊都為範本，在東方的島國上打造出一個縮小版的文明集合地，以先進文化的力量，震撼了各地仍然保有一定獨立程度的土著部族。
當「御門」一族的王城還在奈良縣境內時，隔著一層山脈、位於奈良北邊的這塊土地被稱為「山背」，是渡來部族秦氏的主要聚居地。除了這群來自大陸、精於各種農工技術的「新移民」之外，這塊土地同時有北方的賀茂氏、東方的八坂氏、南方的土師氏等部族定居。
這群先住居民後來也成為京都的重要勢力，因為秦氏的活躍而有了太秦這個地名。求商業繁盛賺大錢、日本神道中現世利益最大的代表─稻荷神全國總本社「伏見稻荷大社」，原本也是秦氏的部族氏神。
而八坂氏創建的祇園八坂神社、賀茂氏的氏神上賀茂神社和下鴨神社，後來也都成為了京都的代表性寺社。就連原來以製作喪禮用的埴輪土偶為生業的土師氏，其後代都出了一個稀代能人（世所罕見的奇才）——菅原道真。
而祭祀這位被奉為學問之神的，就是著名的御靈信仰據點、也是後來戰國奇人豐臣秀吉舉辦「北野大茶湯」的北野天滿宮。不過在首都遷移到這裡之前，還稱為「山背」的這裡，相較於日本的其他地方，也沒有什麼特別之處。
奈良時代的末期，日本出了一位名號桓武的奇特天皇。
在那之前，日本出了一對前後擔任天皇的兄弟檔。兄弟裡的哥哥天智天皇，就是出兵朝鮮半島、和中國新羅聯軍打了一仗的日本國主。天智天皇在敗戰後撤退回國、終日擔心中國即將進犯日本，待他過世後，其子弘文天皇被自己的叔叔消滅，而繼位的這位叔叔就是兄弟檔裡的弟弟天武天皇。
因為有這段恩怨在，所以天武天皇的子孫，一直嚴防著天智天皇血統繼承皇位的可能性。但是隨著歲月的流轉，天武天皇系統的子嗣竟然斷絕，皇位便再度回到了天智天皇的子孫手上。
正因這種超乎想像的發展，當天智系統的桓武天皇登基時，已經是以當時平均壽命來看接近老年的四十四歲了。也因為這樣的背景，桓武天皇急欲擺脫奈良平城京裡包括名寺大院等的舊勢力。因為他清楚地意識到自己（其實是從桓武的父親光仁天皇開始）和之前的皇統是不同的血族，重返皇位的天智系統天皇家，急需一個新天地作為新朝廷的首都。
天皇家離開了平城京，歷史上所謂的奈良時代就此結束。
被選上的新首都是位於桂川沿岸、擁有水運之便的長岡京。不過，問題開始產生。
桓武天皇繼位時已經不年輕了。所以為了將來可以順利傳位給自己的兒子、也就是後來的平城天皇，桓武說服了自己本來已經出家、沒有後代的親弟弟早良親王，請他還俗擔任皇太子，以便這個重回皇位的新王朝血統，可以延續千年萬年，不會重覆對手天武系統之前「倒房」的命運。
在這個大義名分之下，原本堅拒的早良親王也只好答應。但是重新回到政界的早良親王開始和朝廷重臣、也是長岡京主要工程負責人的藤原種繼交惡，而桓武天皇的兒子也漸漸長大成人。就在工程進行的途中，藤原種繼被暗殺。早良親王被指控是幕後凶手而且涉及謀反。
畢竟是天皇的親弟弟，所以早良親王只獲得剝奪皇太子身分並流放的處分。但是早良親王堅持自己無辜，在流放的途中絕食、悲憤而死。桓武天皇在弟弟死後，雖然掃除了傳位給兒子的障礙，並搬進了長岡京，但是這個交通便利、理論上作為王朝首都毫無問題的新城市，卻成了桓武天皇的惡夢。
進京之後，桓武天皇的皇后、夫人陸續病死，而後天皇和早良親王的母親也跟著過世。最可怕的是皇太子安殿親王開始生病。
而且是精神病。
別說是當時那個時代，就連現代人看到桓武天皇身邊家人陸續發生不幸，甚至連皇太子都開始有精神狀況發生，都會聯想到是不是有什麼東西在作怪。
只要仔細想想，就會得到那個東西是「早良親王」的結論。在找不到可以「祭改」的宮廟（誤）而苦惱於怨靈作祟、或說這種傳言對於政權產生不良影響的情況下，天皇家決定放棄營造不到十年的長岡京，把首都遷往東方的平安京，並把山背地方改名為守護王城的「山城」。
老實說，京都並不適合作為首都。
盆地地形讓它冬冷夏熱，而且在這樣的氣候下，居民大量集中後經常發生可怕的瘟疫。此外，比長岡京更內陸的平安京，雖然陸路交通條件相差不多，但是水路交通就變得相當不便。不過深受怨靈所苦的天皇家，仍然因為它的地理位置，符合當時中國最先進的陰陽風水「科學」，所以毅然把首都換到了這個過去秦氏的居住地。
東邊的鴨川作為河流象徵青龍；西邊的山陰道則是排出邪氣的白虎；南邊以巨椋池作為守護京都的朱雀；北邊則是鎮守王城的船岡山龍脈玄武。這些原來就存在的天然地景，形成了風水學上的「四神相應」，也就在這些靈界屏障的保護下，後來的千年古都京都正式成形。
但是京都這個最新的迷信要塞，可不是光靠這四個地形就可以堅守來自怨靈的攻擊。還得在四個方位尋找巨大岩石作為「岩倉」，並且在下面埋藏佛教的《一切經》作為京都的守護據點。除了東方岩倉觀勝寺已經消亡之外，北方岩倉山住神社、西方岩倉金藏寺、南方岩倉明王院不動寺都還現存至今。
配合中國傳進的風水術數、也就是以金星為方位神的大將軍信仰，共同以北方和東方的大將軍神社、西方的大將軍八神社和南方的藤森神社的形態一同守護天皇家。此外，由於東北方傳統上被視為鬼門，在桓武天皇移居京都前就離開奈良、獨自在離家不遠的比叡山修行的最澄，因為這樣而被重用，成為稱為「十內侍」的御用僧侶之一，最澄開山的延曆寺，更是成為了日本佛教的聖地。
一切的開端只因為比叡山正好位於京都的東北邊，所以在山上的佛寺成為封住鬼門的機關，因而受到天皇家的大幅支持而已。
位於鴨川的上游、被列為世界文化遺產的上賀茂神社和下鴨神社，原本只是祭拜賀茂氏氏神、在平安奠都前就已存在的神社，但因為鴨川是四神相應中的青龍，而且一個在北一個在東，所以後來自然也被視為是鎮守京都的重要神靈機關。
上賀茂神社和下鴨神社同為賀茂氏的族神，因為「賀茂」和「鴨」在日文裡都念「かも」，所以自古以來作為京都東邊界線、四神相應中作為青龍的這條河流會有「鴨川」和「賀茂川」這兩種寫法。不過近年的慣例則是，在出町柳與高野川合流後的下游部分稱為鴨川，而上賀茂和下鴨神社（合稱賀茂社）所在的上游部分則稱為賀茂川。
內蘊千年的恩怨情仇和興衰無常
為什麼京都名勝多佛寺？清水寺周畔竟然曾是生人勿近的死者國度？
集結龐大宗教勢力的本願寺，為何一分為東、西二寺？
金閣寺只有二、三樓貼金箔，暗藏什麼陰謀論？
戰國雙雄秀吉與家康，
個性大不同的兩人分別在京都留下哪些古都文化財？
