辛未年（1871）10 月 18 日（西曆 11/30），屬於琉球王國的宮古島和八重山島各有兩艘船，計四艘船，從那霸港出航，要返回自己的島嶼。這四艘船是到琉球王國的首都首里去獻「年貢」的船，不是一般的漁船。
11 月 1 日的午夜，人們從船上可以遙遙望見宮古島，但很不幸的，遇到暴風，無法入港，船任由風吹而漂流。八重山的兩艘船，一艘漂流到臺灣清政府統治的範圍內，難民被送到府城，另一艘下落不明；宮古島的兩艘船，一艘後來順利抵達日本的生島，另一艘則是「琉球人船難事件」的主角。
綜合日本鹿兒縣參事大山綱良，以及宮古島士族仲本、島袋兩位「筑登之」 事後的報告，以下是漂至臺灣之兩艘船，船上乘客的遭遇。
先提比較幸運的八重山島的船。
這艘船遭風漂流到臺灣島的海岸，可能相當靠近打狗口（今高雄旗後），但那是屬於原住民的地方。這艘船共有四十六名乘客，兩位乘客上岸去打探這是哪裡，這時候有一艘來自鳳山縣打狗口的船，由李成忠指揮，他告訴八重山的乘客那裡是「臺灣府內的青蕃地」，會有危險，不要上岸。
於是八重山的乘客放棄自己的船，移到李成忠的船上。這艘船到了打狗口，改搭火輪船（蒸汽船）到臺灣府城，受到官府的撫卹，等待船隻到福州，以便返回那霸。至於上岸的兩個人，被五、六十個持武器的原住民圍住，幸好獲得住在當地的漢人協助；擬將兩人送到漢人尤魁家中，途中又遭原住民包圍，經過一番波折兩人躲到尤魁家中。
後來官府派一位使者來尋找二人，尤魁父子和使者護送兩人要去搭小船時，再度受到武裝的原住民追逐圍打，最後由使者用番錢和布換取兩人的人身安全。這兩人被送到府城，和其他人會合。
接下來，讓我們根據上述「仲本‧ 島袋報告」來了解宮古島那艘船的遭遇。11 月1 日（1871/12/22）宮古島人遙遙望見自己的島嶼，但風向不對，無法入港，任風漂流。5 日看見臺灣的外山，6 日換小船上岸，當時全船有六十九名乘客，三名在這過程中溺斃。
上岸後他們遇到兩名「支那人」（按，文獻用語，當時並無歧視意味），詢問哪裡有人家，兩人告訴他們（想是比手劃腳）：往西有大耳人，會砍人頭；要他們往南行。由於這兩人一面帶他們往南，一面搶奪他們身上的衣物，手拿不完的，丟到山中，並立木頭做記號。
由於眾人認為那兩人有同夥，很害怕，不敢反抗。入暮時，兩個漢人要他們睡在路邊的石洞，他們看石洞太小，六十餘人根本無法過夜。但這兩個人強迫他們這樣做，他們認為這兩個盜賊般的人要他們往南行必有詐，於是和這兩人分開，往西邊走。該晚他們在路邊的小山過夜。這一天從早上在船上吃過早餐後，眾人就沒再吃任何東西了。
7 日一群人往遠處看似有人家的地方走，果然到了有十五、六間人家的地方，住著男男女女，有耳大垂肩者，身材高大。聚落的人招待這六十六人用餐。但是，那些被支那人搶奪剩下的物品，又被這些人奪取。他們在這裡住宿，夜半有一人左手握著薪火，右手攜刀，推開門來，剝取了兩個人的內衣而去。
8 日早上，五、六個男子各攜帶武器（銕砲），向宮古人說：我們要去打獵，回來前你們決不能離開。眾人表示要離開到別的地方，但被其他的「土人」強制阻止。宮古人於是更加生出疑惑，決定兩人一組分散逃出，再會合。
他們一起走到一條小河，在此休息，但男三、四人，女四人追來，他們於是渡河逃走。路旁有五、六間人家，他們窺見其中有一家有個老翁。老翁出來迎客，說：「應是琉球吧，首里還是那霸？」（真是有國際觀的老人！）
正當仲本、島袋等人要寫下姓名給老翁的兒子以便上報官府時，先前追來的人，持刀將站立在庭院的三十餘人的簪和衣物奪走，並陸續將一二人拉出門外。等剩下二十二、三人時，有一人裸體從門外跑回來，說大家都會被殺。於是眾人四處逃散。仲本、島袋等九人躲在老翁住處。根據其他文獻，老翁姓名為鄧天保。
9 日，老翁將九人送到女婿楊友旺的村庄。過了兩天，另有三人也來會合，說其餘的人都在山中被殺了。這十二個人在楊友旺家住了四十多天。
12 月12 日（1872/1/21）在楊友旺的陪伴下，他們啟程，12 月 26 日進入鳳山縣境，28 日抵達臺灣府城。第二年1 月10 日（1872/2/18）和八重山人一起搭乘火輪船往福州府，16 日抵達福建，進入琉球館。6 月 2 日搭乘琉球唐歸船，7 日船抵達那霸港。
他們是在前一年 10 月 18 日離開那霸，到 6 月 7 日再度抵達，相隔將近九個月！在引述仲本和島袋的報告時，為省篇幅，筆者省略了一些細節。在這裡補充說明：宮古人原本六十九人，最後剩十二人，其中三人溺斃，五十四人遭高士佛社和牡丹社族人殺害（兩社屬於後來所稱的排灣族）。八重山人雖然很快就被救助，但在臺灣府城有一人因疱瘡過世，到了福州，又有十人因疱瘡過世。幸而逃過船難之劫，卻不免病死異鄉。
從當事人的報告中，我們可以看出臺灣官府對於琉球人的救助可以說頗為完善，至少讓當事人印象相當深刻。根據報告，八重山方面，在打狗口停留時，獲得飯米、多葉粉、灯油、錢若干文，以及各種衣物；因疱瘡死亡者，獲得棺材和衣物等，並安排埋葬和燒香等。宮古方面，抵達鳳山縣之日，招待粥，第二天開始，早上是粥，白日則是八碗菜，加上飯。十二人每人給一件棉襖（棉入），由於他們由南向西北走，稍微感覺寒冷。
在行的方面，我們看到官府兩度用火輪船來運載他們（打狗口→臺灣府城；臺灣府城→福州府）─當時正是帆船和蒸汽船重疊、消長時期。總之，臺灣官府對這些遭難的外國人好像很盡力，也很慷慨，至少事後當事人顯然毫無怨言。
仲本和島袋的報告書是附在鹿兒島縣參事大山綱良的上陳文中，文書日期是壬申 7 月 28 日（1872/8/31），也就是宮古人和八重山人於 6 月 7 日（1872/7/12）回到那霸約一個月又二旬之後，可以說距離事件本身相當近，算是歷史現場的記述。
值得注意的是，雖然當事人對臺灣的官府沒有任何怨言，但大山綱良上陳文的題目是：
大山鹿兒島縣參事關於琉球島民於台灣遭害問罪之師云云上陳 並琉球王子遭害之始末報告書 壬申七月卄八日
就捻出「問罪之師」四字，正文寫道他派人入朝奏聞，最後說：「伏願 綱良仗皇威，興問罪之師，欲征彼，故擬謹借軍艦，直指彼之巢窟，殲其渠魁，上張皇威於海外，下慰島民之怨魂，伏願許其乞。」
眾所周知，琉球自 1609 年為日本薩摩藩藩主島津家久派兵征服，成為島津氏的附庸國，實際上受其控制，被納入日本的幕藩體制，成為日本的藩屬，但琉球王國仍繼續向明國朝貢，造成「兩屬」情況。
清取代明之後，琉球繼續以清國和日本國為宗主國。不過，這一年（1872）7 月明治維新後實施「廢藩置縣」，過去幕藩體制下的藩國成為直屬中央的第一層行政單位「縣」。9 月，明治政府改琉球王國為「琉球藩」，由外務省管轄。這時琉球王國的國王是尚泰，這個安排「使尚泰為藩王，叙列華族」（尚泰を藩王となし、叙して華族に列す）。
這是因為琉球方面強烈抗拒，而這同時還存在著中國宗主權的問題，日本無法直接將琉球納入版圖。但是，值得注意的是，大山綱良的呈文是在 7 月下旬寫成的，那時琉球王國至少在形式上還維持獨立王國的身分，即使如此，鹿兒島縣參事就建議派「問罪之師」，以張皇威，以慰島民，一副將琉球人當成「自國人」一樣。
在這裡，我們要跳脫一些外交上的宣稱或辯解，直接看「歷史現場」的實際情況。清統治臺灣有非常確實的番界，番界以外的地區不是行政區劃所及，實際上也是完全沒有管轄到的地方。
《風港營所雜記》是歷史現場的記載，很清楚顯示枋寮是清國臺灣府統治的最南邊界，清廷駐兵也以此為最南界，以南沒駐兵，17 人民出了枋寮就是越界開墾，不受「公權力」的保護；更值得注意的是，枋寮以南、風港以北的漢人聚落是向大龜文頭目納稅的，風港以南更不用說了。鄰近枋寮約一、二里（約 0.6-1.2 公里）的北勢寮，則大抵向清官府納稅。
在鹿兒島縣參事大山綱良建議朝廷「興問罪之師」之時，正是明治初期政局很不穩定，「征韓論」高張之際。李仙得「適時」出現，鼓動日本出兵攻打臺灣南端的原住民地區。
究實而言，關於這個船難事件，清地方政府在處理上並無可議之處，當事人也無抱怨。「問罪之師」並非問清國之罪，而是問臺灣番民之罪。這在在關係到李仙得這個人物，以及他實際考察臺灣南端的發現：臺灣番地不隸屬於清。
李仙得何許人也？李仙得是 Charles W. Le Gendre（1830-1899）的中譯名字，另有李讓理、李善得等不同譯法。他是個傳奇性人物，法國人，因和美國女子結婚而歸化美國，加入南北戰爭中的北軍，作戰致傷一眼，榮退後轉任外交官。
在我們處理的這個時段，他原先是美國駐廈門領事（1866-1872），1872 年由廈門返回美國，船停靠日本，他透過美國駐日公使 Charles E. DeLong 的引介，向日本外務省倡議以武力解決臺灣問題。他的看法和外務卿副島種臣一致，獲得信任，李仙得遂辭掉美國領事一職，該年 12 月受日本外務省聘為顧問。
第二年（1873）日本備中國淺口郡柏島村（今岡山縣倉敷市）的船漂流到臺灣東岸，發生四人遭原住民搶劫的事，導致日本民間和政府征討臺灣的聲浪高張。該年外務卿副島種臣以特命全權大臣身分赴清，他令隨員柳原前光以琉球人遭難事件詢問清總理衙門，獲得生番是「化外」的答覆。一個「典型」的記載如下（引文中〔〕內文字為筆者所加）：
也就是說：生番既然是我國的「化外」，要征討或不征討，由貴國自己決定就行啦。這樣的答復，當然正中副島種臣之下懷。日本征臺之役又牽涉到征韓論，以及藉對外征戰來消解內部政治危機的問題，為避免旁支太多，茲略去不談。
1874 年 4 月明治政府以大隈重信為臺灣蕃地事務局長官，西鄉從道為臺灣蕃地事務局都督，積極籌畫討伐臺灣原住民。
就在日本中央政府因政爭而擬暫時中止出兵時，西鄉從道卻獨斷地出兵攻打臺灣。1874 年 5 月 6 日，日軍抵達臺灣南端，於社寮上陸。社寮（射寮）約當今天屏東縣車城鄉射寮村。日軍上陸後和原住民有零星的交戰。5 月 22 日，日軍抵達石門（屏東縣牡丹鄉石門村），和原住民發生激戰，牡丹社頭目阿碌父子戰死。6 月 1 日，日軍分三路攻打牡丹社、女仍（爾乃）社和高士佛社，7 月 1 日三社投降。
在日軍駐紮社寮和龜山期間，開始一系列招原住民來「歸順」的作法。8 月清廷和日本政府展開談判，幾經折衝，最後在 10 月 31 日（清同治 13/9/22）雙方簽訂專條三款，中文一般稱之為「中日北京專約」，第一條開宗明義說：
日本國此次所辦，原為保民義舉，清國不指以為不是。
這裡關鍵性的四個字是「保民義舉」，用白話來說，就是「保護我國人民的正確的作法」，等同清廷正式承認琉球人為日本國的人民，轉換成政治語言，就是正式放棄清對琉球的宗主權。關於賠償撫卹等內容，就不細表了。
12 月 20 日，日軍撤走。這整個過程，在日本史上一般稱為「臺灣出兵」，在臺灣史上則稱為「牡丹社事件」。
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本書由東華大學歷史系陳鴻圖教授主編，收錄各領域臺灣史學者經典著作：
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