討幕派的武力路線
薩摩藩於 1867 年（慶應三年）8 月向長州藩說明了舉兵之「錦囊妙計」。
派遣藩兵進入京都御所，討幕派公家集結起來後進行壓制，「突襲」並「燒毀」會津藩府邸和幕府軍陣營。請天皇移駕男山（京都市南部，八幡市）之後就頒佈「討伐將軍」的檄令。以藩兵三千兵力壓制大阪城並「摧毀」大阪灣的幕府艦隊。關東地區要「固守」甲府城。薩摩藩制定了龐大的武裝起義計劃，也有人說這只是島津久光、西鄉隆盛、大久保利通以及小松帶刀這四人才知曉的「奇襲」行動。
次年 9 月，薩摩藩和長州藩再次締結出兵「條約」，藝州藩也加入其中。薩摩藩也再次計劃在九月中旬發起武裝起義，挾持天皇並進攻大阪城。薩摩藩的首個計劃據說是與京都政變同時舉兵，比起 12 月實際發生的王政復古[1]政變更要依賴於武力。這正是討幕計劃。
另一方面，土佐藩則推進不使用武力的改革運動。不是討伐德川，而是通過德川慶喜也參加的「公議」（會議），即以聯邦國家為目的的公議政體論。根據六月與薩摩藩締結的《薩土盟約》[2]，德川慶喜自己歸還國家大政，並辭去將軍一職，實現了王政復古。
以坂本龍馬的《船中八策》[3]為基礎的《薩土盟約》，在京都朝廷上設立上下二院的「議事院」，是從德川慶喜以至手下朝臣、大名、藩士甚至包括庶民都可參加的議事院體制。
江戶後期的幕政以及會議制度對於藩政已然成熟，這如前所述，在其基礎之上，為了「與萬國並立」，就要採取歐美的議會制形式。這樣，就設想出了由大名會議運作的聯邦國家，大名會議也讓德川慶喜加入。這樣的大名會議如果正式召開，大名數量佔壓倒性多數的德川家就佔據了優勢，這顯而易見。儘管如此，為了把土佐藩捲入討幕政變之中，就請它加入了《薩土盟約》。據木戶向龍馬所述，「毫不受損」作些「努力」，也可把中立之藩「拉攏」進來。
藩「有司」的自立
在長州藩，為準備內戰，藩政大改革順利進行。面對幕長戰爭，實權集中在「有司」負責實務的官員手中。藩政集中於兩個局：藩內政務在「國政方」，財務則在「國用方」。「用談役」木戶孝允（俸祿九十石）統管全部藩政，政治上中立的實務官員也大多得到擢用。
由武士和庶民混合組成的諸隊曾是長州藩的精銳部隊，但在幕長戰爭之後，藩主預料不久就會發生內戰，故而，步卒、幫工、僕役長、家臣等下級武士也被編成步槍隊（來福槍隊）和大隊。另一方面，高級藩士被禁止配備勤務兵，成了「單槍匹馬」（普通兵卒），被編入了「散兵」，也就是說，被編入了地位低下的候補兵裡。如此一來，藩的秩序發生了逆轉。
木戶和薩摩藩的小松、西鄉、大久保等人反覆協商，加強了超越藩界的團結心。這正是遠山茂樹所說的「強兵富國開明派的跨越性聯合」。木戶強化了政治實力，他認為「治皇國之病者，今日之長州，亦是良器」。木戶把藩視為形成國家的「工具」。因此，木戶、西鄉以及大久保利通等「有司」從各自的藩開始獨立。
慶喜提出「大政奉還」
土佐藩建議德川慶喜進行大政奉還，於 1867 年（慶應三年）10 月 14 日，德川慶喜接受建議，提出了大政奉還，薩摩藩的小松帶刀和土佐藩的後藤象二郎[4]當場贊同其「英明決斷」。以討幕為目的的薩摩藩贊同德川慶喜，乍一看有些離奇古怪，但這是薩摩藩頑強地利用幕府奉還大政的讓步之策。可以推測：德川慶喜的本意是建立大名聯合政府，讓德川家族成為一枝獨秀，重新確保國政實權。
此時，根據德川慶喜的要求，幕臣西周[5]提出了幕府的國家構想。設立行政府和議政院的兩權，行政府裡設有「全國、外國、國家利益、度支〔會計〕、寺社」五大事務府，而議政院裡設置大名上院和藩士下院。慶喜的國家構想曾被評價為是構想成法國的買辦，羅什的援助和向法國借款，這對於慶喜都不可或缺。
然而，缺乏本國支持的羅什甚至淪落到連日語翻譯官都撤出的慘淡狀態。以前，傳說中幕府有來自法國的「二百四十萬美元軍事借款」，這實際上是子虛烏有，近年再度被加以確認。另一方面，和羅什事事相爭的英國公使巴夏禮，他本人向英國發送報告，對慶喜高度評價，把大政奉還說成是「自由主義運動」，慶喜也是「符合時代需要的人物」。德川慶喜進一步加強了歐美外交團的支持。
在西周的幕府國家構想中，朝廷的公家不可從山城國（京都府南部）「外出」，即使外出也會被與「平民」同等對待等等，這大幅度限制了朝廷的特權。這是因為維新政府構想的國家是權威主義的天皇制國家，與此相比，西周更嚮往自由的國家。
與呈報大政奉還同一天，出現了發給薩摩藩藩主和長州藩藩主的「討幕密敕」，命其「殲戮」（殺害）「佞臣慶喜」，目的是讓薩摩藩主和重臣果斷出兵，而薩摩藩主正由於藩內動盪推遲了出兵。「討幕密令」的標題是天皇頒佈敕令時需寫的「詔書」兩字。但是，沒有攝政所記日期和批准記錄（攝政代理天皇處理公務），這大體是一份形式不完整的詔書。誅滅慶喜的詔書不可能從幕府派二條齊敬攝政發出，討幕派不可能接詔。「討幕密敕」並非天皇敕命的「密敕」，而是份「偽詔」。是由與天皇毫無瓜葛的某處製作，形式不完整，是偽造的密敕。
（鹿兒島縣歷史資料中心黎明館藏）
王政復古政變
1867 年 12 月 9 日晨，大久保和岩倉他們進入了御所。薩摩藩、藝州藩的討幕派以及土佐藩、越前藩、尾張藩的公議政體派，他們舉兵參加政變，並頒佈了「王政復古大號令」。然而，公議政體派卻只是四天前才剛剛得知該決定。
德川慶喜同意辭任將軍一職，並廢除幕府和攝關，宣佈「臨時」設立總裁、議定、參與這三個職位。參與從上述五藩各任命三名藩士擔任，西鄉、大久保、岩倉、後藤他們加入參與，掌握了實權。史書記載為「臨時」設置三職，新政府的確是一個「臨時革命政府」。
王政復古和將軍辭職原本是討幕派和公議政體派的共有目標。薩長的武力討幕派是壓倒性的少數力量。根據少數服從多數原則，為了使政變後的臨時政府正當化，討幕派暫且把土佐藩等公議政體派引入王政復古政變（木戶），增加人數。
九月，木戶寫信給龍馬解釋了討幕派的政治策略。木戶將整個政變比喻成「戲劇」，把武裝政變稱為「狂言」，說事件是肇始於「狂言」，再向「大舞台」（戰爭）發展。對於「狂言」（武裝政變）「勉強勝任的舞台角色〔公議政體派〕，拉其入夥」，那是「巧妙演繹」「狂言」的一種技藝。「巧妙」指舒緩，「演繹」是製作舞台提示，意思是要廣泛結集，推動政變。並且是向「大舞台」、「大戲劇」（戰爭）推進。政變的主導權當然是在西鄉、大久保、木戶和岩倉手上，他們詳細規劃行動步驟，指導實施政變。
公議政體派的反擊
政變當天在小御所開會，會議一開頭，公議政體派的山內豐信就批評政變，並為之前的幕政辯護，要求讓德川慶喜參加議定。他斷言政變是「欲擁立幼君，盜奪權柄」。
（一聽此言）岩倉立即在「御前」（天皇面前）大聲呵斥（山內豐信）。休息時，在坐席外統領兵卒的西鄉告訴岩倉：「若有短刀一柄，即可收拾（山內豐信）」，豐信也做出退讓。至今為止，人們評論說，這話與西鄉很相符，正是這句充滿殺氣的話語才產生了新政府。
然而，當時天皇年方十五，尚未及冠。豐信的批評「欲擁立幼君，盜奪權柄」是有根據的。另外，作為廢除幕府的一項理由，「王政復古大號令」一開始就宣稱：「癸丑〔1853 年佩里來日之年〕以來之國難、先帝頻年〔每年〕煩擾聖慮。」承認孝明先皇多年來對於外交問題的介入是正當的，與之相對，作為幕府第一「失政」，舉出了「締結各國條約」。
雖然外交問題是主題，但公議政體派的豐信和討幕派的大號令，誰有理呢？正如第一章裡所述，幕府外交既現實也合理。國際環境和日本經濟成熟成為基礎，通過漸進式的幕府外交，門戶開放已經植根在日本社會裡了。另一方面，天皇的外交論是「皇統綿延」、「萬世一系」的非合理性神國思想和大國主義，所以會太過冒險：縱成「焦土」也在所不辭（然而，添加了保護畿內和京都的請求）。在條約批准問題上，山內豐信曾經率直地批判天皇朝廷的外交論「如同書生所論」，是「尋求無謀之戰」。
倘若如此重新審視，小御所會議中應該討論的問題實在多多。面對有著充足依據的發言，西鄉那種「短刀一柄」阻斷討論的發言，是以天皇權威和藩兵武力為背景來壓垮對方，這除了壓迫和恫嚇之外別無他物。剛毅的豐信之所以退卻，是因為他擔心在部隊的精銳程度上薩摩藩藩兵遠遠勝過土佐藩。
人數較少的討幕派，將幕府締結條約定位為「政治失敗」，並以此作為外交的大前提，將「萬國〔歐美〕對峙」、「萬國對立」作為國策第一條公佈，由此起步發展。對於「萬國對峙」，既存在著文明開化主義、也有少數派對大國主義押下的許多賭注。
[1]王政復古：是指日本江戶時代後期，廢除幕府、政權移交朝廷的一次政變。1868 年 1 月 3 日，朝廷宣告將政權交還天皇。
[2]《薩土盟約》： 薩摩藩與土佐藩之間締結的盟約。1867 年 6 月 22 日，薩摩藩的西鄉隆盛、大久保利通與土佐藩的後藤象二郎、坂本龍馬等會晤，締結盟約。主張幕府大政奉還、召開列侯會議，實現公議政體，同時約束薩土兩藩。
[3]《船中八策》：坂本龍馬提出的八條政治改革計劃。1867 年 6 月 9 日，坂本龍馬乘坐藩船夕顏號由長崎前往兵庫，在船上他向後藤象二郎闡述了這八條政綱，包括大政奉還、議會開設、官制改革、條約改正、憲法制定、海軍、御親兵、通貨政策八項原則，通稱《船中八策》。
[4]後藤象二郎（1838 - 1897），日本幕府末期至明治時期的武士、政治家、實業家，是明治維新的元勳。
[5]西周（1829 - 1897），日本幕府末期至明治時期的幕臣啟蒙思想家、哲學家。曾赴荷蘭留學，當過德川慶喜的親信。
明治維新——劇烈動盪的幕末維新時期，日本社會經歷了怎樣的起伏？
王政復古——日本近代國家如何在艱難中產生？
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