神代以來的「萬世一系」
自明治時代到現在，當政者、神道派和保守勢力都一直強調並深信，天皇是自神代以來的「萬世一系」，是永無斷絕的神聖存在。因此，天皇統治的日本是與其他國家不同的神國，國民必須毫無猶豫地擁護天皇統治，維持國家上下團結。這個信念雖然在二戰戰敗後急速被否定與打壓，但目前依然有不少人維護這個想法。
另一方面，考古學界與歷史學界在戰前被政府箝制思想，也受制於「不敬罪」，自然無法對「萬世一系」進行充分檢討。戰後，從神國思想中得到解放，討論才變得活躍。
戰時的日本政府利用《古事記》和《日本書紀》做為力證「萬世一系」無誤的根本資料。不過，到了六〇年代，歷史學家重新檢證、分析兩書的內容，論證神武天皇至開化天皇為止的首九代天皇只是傳說人物，神武天皇以外的八代被稱為「闕史八代」（詳見前一問）。
而大和朝廷時代為止的天皇們，目前無法證明他們的真實身分，而且按照兩書的內容去復原古代天皇的繼承關係，也會發現其中至少出現了幾次暗示天皇家族轉換的紀錄。
七〇、八〇年代出現的「王朝更替論」
承上所言，1970、80 年代以來，有不少歷史學家提出了「王朝更替論」，指出古代天皇事實上是幾個家族通過聯婚、入贅的方式，結合成現在的天皇家系。然後到了奈良時代，朝廷先後編寫《古事記》和《日本書紀》，將古代本來不是一系的幾個家系合而為一，形成了「天皇一直是同一家族相傳相承至今」的假象和意識，後來進一步膨脹成為「萬世一系」。
其中，歷史學家懷疑最有可能出現過「王朝更替」的，是在第二十六代繼體天皇的時候。《古事記》和《日本書紀》中記載繼體天皇，本來是第十五代天皇應神天皇的五世孫，以越前(現在的福井縣)為根據地。後來，到了第二十五代武烈天皇時代，大量王族在多場政治鬥爭中相繼被殺，武烈天皇自身又沒有子女，於是群臣討論後，決定到越前迎接分屬武烈天皇遠親的繼體天皇，來繼承大統。
由此，歷史學家強烈懷疑繼體天皇的來歷，甚至有人認為繼體天皇的「應神天皇五世孫」之說，是他的子孫（即後來的大和朝廷）捏造出來的，只因為想強調王朝的正當性。
「王朝更替論」是戰後一部分歷史學家反省戰前「萬世一系」思想的回應。這對於我們重新思考天皇的歷史發展和存在意義，有著一定的作用和貢獻。然而，在缺乏史料和實質證據下，這樣的主張也只是一個值得思考的學說，想藉此改寫天皇的家系發展史，仍然十分困難。
「萬世一系」的成立過程
目前來說，大和朝廷時代（即六世紀以前古代天皇）的歷史，有待更多考古挖掘的成果，才能進行檢證。現時更重要的是重塑「萬世一系」意識的產生過程。
「萬世一系」的意識最早在什麼時候出現呢？
按照可信的史料，如《續日本紀》等記載，第四十二代文武天皇於公元 697 年發布的即位宣命上，便提到了「現御神」、「高天原」（皇祖，天照大神所在之地）、「天津日嗣」等詞語，這些都是在宣命之後成書的《古事記》和《日本書紀》中出現的用語概念。
換言之，天皇做為天照大神的子孫，受命治國，此說在公元七世紀的奈良時代已經確立，然後製成《古事記》和《日本書紀》，再向國內推廣。
然而，文武天皇的宣命文只反映「當時朝廷和天皇意識到強調自己的根源」，但將這個根源昇華和絕對化，則要等到文武天皇的子孫─桓武天皇的時代。
桓武天皇不只遷都到平安京，他與兒子嵯峨天皇還積極導入中國的文教思想和典章制度，強調自己的統治合情合理，是天命所歸。他們希望「萬世一系」的觀念普及，其中一個重要工具便是中國的「德政」、「天命思想」和「祭祀帝皇祖宗」的概念。
自桓武天皇開始，朝廷便積極修史，並在各種文學裡弘揚天皇統治起源於遠古神話時代，再利用祭祀部分先皇的行動，將這種思想滲透到貴族之間。自此，「萬世一系」的雛型就完成了。
不過，還必須處理一件事─排除中國天命思想中的「易姓革命」觀。
所謂的「易姓革命」是指「只要受命於天，任何人都可以取代不德失政的君王，自立為帝」。顯然，弘揚「萬世一系」思想的天皇，不可能接受這個觀念，於是，中世紀以來的天皇和貴族只好進一步神化、美化過往的歷史，將所有天皇視為同一家族的一分子，將繼體天皇也視之為「傍系」皇族，以製造一個對抗原版「易姓革命」的新思想，就是當出現不德失政的天皇時，只可找「傍系」出身、德才兼具的皇族來取代。
以他姓取代，因為歷史上無先例可循，自然也沒有合法性了。
更是古人流傳下來的生命智慧。
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