殘酷的征服 北守南進政策中的臺灣
狹義的日清戰爭雖然結束了，但戰爭本身仍在繼續。因為在清國割讓的臺灣，中國人的抵抗依然在持續。
把眼光投向了臺灣、並對其實行佔領和要求清國將其割讓出來，是日本政府和軍部達成的諒解。松方正義一直持有北守南進的設想，1894 年（明治 27 年）冬天，他向同是薩摩藩閥的參謀次長川上操六提交了一份意見書（《公爵松方正義傳》），建議說，與其從天津進發去佔領北京，不如佔領臺灣更為緊要。
他將臺灣提到了很高的位置，認為若不佔領臺灣就結束戰爭的話，「將成為百年的遺憾、千秋的悔恨。」「為我國前途計」，須採取「北守南攻的方針」。
他將臺灣定位為可向馬來半島和南洋群島推進的根據地。從對日清戰爭之後的形勢預測來看，他是抱著一種危機感，即日本如果不佔據臺灣並把它作為南進論的據點，那麼就有可能被列強奪去。
這樣的意見，並非松方一個人持有。松方稱這一意見書是「天下有識之士的公論」，並說伊藤博文也對此表示了「同感同情」。
(Source: 近世名士寫真 vol. 1 / Wikipedia)
此外，陸奧宗光外相也持有同樣的看法。在其撰寫的意見書《關於臺灣島的鎮撫之策》（完成的年月不明，陸奧宗光死於 1897 年 8 月 24 日）中，他認為佔領臺灣的目的有兩個：
① 將其作為將來向中國大陸和南洋群島擴展版圖時的根據地；
② 開發資源，培育工業，掌握通商的權益。
為此目的，陸奧認為，鎮撫統治的關鍵有三條，「第一要以武威壓住島民；第二是從臺灣逐漸削弱支那的民俗；第三鼓勵我國民眾向臺灣遷移。」這樣的意見完全不算甚麼國家的機密，在 1897 年由春陽堂出版的《臺灣概況》中，地理學家松島剛和佐藤宏寫道：
新領地在治理的成就方面，若能舉拓殖之功，此地﹝臺灣﹞成為我展開鵬翼的根據地，也是自然的趨勢了。向南而望，菲律賓已在咫尺之間﹝近距離﹞。南洋群島猶如步道上的佈石那樣斷續相連，香港、安南、新加坡也並不遙遠。這些都是我日本人可以試圖展翅雄飛的地域。然而這些都是將來的事情，只需我們自己以實踐來證實。
就如上述的解說文所表現的，作為一個帝國正在不斷擴張的日本，這樣的認識正在蔓延。將統治臺灣作為南進的據點這樣的想法，後來得到了臺灣總督兒玉源太郎和臺灣民政長官後藤新平的支持。
臺灣自生性的發展
1895 年 6 月 2 日，臺灣總督樺山資紀在臺北北面的海面上與李經方辦理完了臺灣割讓手續之後，在佔領的臺北舉行了臺灣總督府開始執政的儀式。
正如與樺山總督一起前往臺灣的民政局長水野遵所表示的那樣，「以極其和平、極其文明的方式接受了臺灣的統治權」（《大路水野遵先生》），人們認為平定臺灣進行得很順利。
在上海的租界發行的英國人報紙《北華捷報》刊登的名為《臺灣的日本人》（1895 年 9 月 6 日）的報道，批評對臺灣的佔領作戰不僅很糟糕，還指出「日本人所犯的大錯誤，是低估了島上居住的客家人和其他來自大陸的中國農民的倔勁和力量」，英國人已經看到了抵抗運動的內在力量。
誠如這篇報道所說的那樣，臺灣在進入十九世紀以後，以茶業和糖業為中心獲得了發展，與歐美各國的貿易也在增加，因此來自中國本土的移民也在增加。
在十九世紀上半葉，以「一府二鹿三艋舺」的臺南府、鹿港（位於臺中南面、彰化境內的港市）和艋舺（位於臺北西部）三大港市為中心，出現了繁榮的景象，林本源家族和陳中和家族等就是當地的商人資本的代表。
1885 年設置了臺灣省，建制為三府一直隸州六廳十一縣。鴉片戰爭以後，被指定為貿易港的基隆、打狗（日本佔領以後改稱高雄）港為中心，設立了有城牆的臺北府（1875 年設立）和臺南府，開始了城市化的進程。
清國比較具有開放思想的洋務派人物劉銘傳當了巡撫之後，著手開展了具有地租改革意義的清賦事業，並計劃大規模的省會臺北府的現代化都市建設，著手進行了供電和電燈、電信、鐵路等的現代基礎設施建設，從中國本土吸引商業資本，設立了興市公司等。
劉巡撫於 1887 年提議建設基隆到彰化之間的鐵路，獲得了批准，1891 年開通了基隆到臺北之間的路段，從臺北到新竹之間的路段在 1893 年竣工。全程七十五英里（一百二十點七公里）的鐵路以客運為主，貨運能力還不強，但作為中國最早的鐵路之一，它的建成具有劃時代的意義。
對這樣的自生性的發展打上休止符的，就是 1895 年的臺灣割讓。
以本土的移民、即漢族商人（臺灣士紳）為中心建立起來的臺灣民主國，既具有南洋大臣張之洞等的阻止割讓的政策的背景，也是至十九世紀末為止的臺灣自生發展的一個結果。
臺灣民主國和佔領戰爭
5 月 23 日，臺灣民主國發表宣言說：「我臺民與其事敵，無如死。」25 日舉行了總統就任儀式，以劉銘傳的繼任巡撫唐景崧為總統、舉人（科舉制度中鄉試（地方試驗）的合格者）丘逢甲為副總統的臺灣民主國成立了。定年號為永清，國旗為「藍質虎章」圖案。
然而估計為九千人的巡撫旗下的清軍，在近衛師團登陸以後，還未交戰就瓦解了，唐總統逃離了臺灣。
進行了最頑強抵抗的是原住民高山族。
率領了清兵的臺灣軍務幫辦劉永福，號稱「民主國大將軍」，以臺南府為據點進行了頑強的抗戰。劉將軍是一位因在清法戰爭中率領黑旗軍擊敗了法軍而聲名鵲起的英雄。在臺灣也是「據自然之峻險，築壘掘壕」（臺灣總督府法務部編纂《台灣匪亂小史》，1920 年）持續抗戰。
遭遇了頑強抵抗的樺山總督，在 6 月 19 日向日本政府報告說「實際的情況與（此前的）海外征討沒甚麼兩樣」（《秘書類纂》臺灣史料）。他要求政府增派軍隊。接到了樺山的報告後，大本營從在遼東半島的第二師團中抽調出了混成第四旅團，派往臺灣。
7 月中旬，樺山總督要求再增援一個半師團的軍力。大本營在決定了派兵之外，於 8 月 6 日制定了臺灣總督府條例。
這一條例意味著由於平定困難而決定實施軍政的同時，還規定「擴充軍部機關、基本實行與軍司令部相同的編制」（參謀本部編《日清戰史》）。超過兩個師團的兵力，其人員規模在第一軍之上了，這說明了日本平定臺灣有如此的困難。
並進而將已轉為預備役的樞密顧問官、陸軍中將高島鞆之助立即恢復為現役，任命其為臺灣副總督，由他來指揮南部平定行動，任命陸軍少將大島久直為總督府參謀長。
伊藤內閣也在 7 月 16 日修改了對臺灣的認識，認為臺灣目前的形勢「處於百事至難的境地」，制定了「望迅速加以平定」、「在平定之前可不拘泥於法規、一切可迅捷處置」的八項條規，以內閣令的形式下達到臺灣。
平定臺灣的困難還不只是來自於武裝抵抗。
水土病的瘧疾、因炎夏中的供水不足而飲用生水導致的痢疾（吐瀉病）、因營養不足引發的腳氣病等傳播開來，「八月中旬抵達後壠的時候，各隊的患病者人數超過了健康者的一半」（《明治二十七八年役陸軍衛生事跡》，《明治軍事史》），由於患病者層出不窮，降低了戰鬥力。
8 月 29 日佔領了中部彰化的近衛師團，並未繼續向南方推進，一直休整調養到了 10 月 3 日，「各隊的人員幾乎都已減半」（《官報》，8 月 31 日），情況頗為窘迫。
平定臺灣宣言
終於又向南方推進的近衛師團，10 月 9 日佔領了嘉義。
包括在臺南南北海岸登陸的增援部隊，從三個方面進攻臺南府，19 日，劉將軍撤離了臺南府，向廈門遁去，臺灣民主國瓦解了。
兵不血刃地佔領了臺南之後，樺山資紀總督於 1895 年 11 月 18 日向東京大本營報告了平定臺灣宣言。
在攻佔臺灣的途中，近衛師團長北白川宮能久親王、第一旅團長川村、第二旅團長阪井都患上了瘧疾，最後能久親王病故。
日本投入了大約 76,000 名的兵力（軍人 49,835 人、日本軍夫 26,216 人），日軍的死傷者為 5,320 人（戰死者 164 人、戰病死者 4,642 人，負傷者 514 人），殺害了中國士兵和居民 14,000 人，由此獲得了臺灣。
上文引述的《北華捷報》在 9 月 6 日的時候就斷言說，「這是一場完全沒有意義的戰爭」，「﹝日軍和當地居民﹞兩者都進行了殘虐的行為，這樣的記憶將會長久地留在人們的心頭，對今後建立和平安寧的狀態將會帶來障礙吧。」
決心發動無意義的殘虐的征服戰爭的日本，同時也意味著宣告了外交上軍事上的失敗。
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