白色恐怖時期，叛亂案是百分之百不公開的軍事審判。蔣經國做出「公開審判」和「縮小軍法審判範圍」的重大讓步，也許是陳若曦和海外華人的仗義執言，也許是二二八效應。總之，海內外多方力量匯集，促使史無前例的公開審判。這場審判，無論形式、內容、意義，作用、深度、廣度，都是臺灣史上的世紀大審判。
辯護策略沙盤推演
二月二十日，黃信介、施明德、姚嘉文、張俊宏、林義雄、呂秀蓮、陳菊、林弘宣等八人被軍法起訴。當天立即召開祕密調查庭，未通知律師到場。警總軍法處威權心態如昔，律師閱卷時不准影印，必須逐字抄錄。辯護律師團被迫組織抄錄隊，花了十幾天才把所有筆錄抄完。
姚嘉文第一次和辯護律師蘇貞昌會面時，已經與世隔絕兩個多月。他告訴蘇：「這不是在審判我，這是在審判黨外。」又對探監的獨生女、小學生姚雨靜說：「不要為爸爸哭，不要為私人的問題哭，要為臺灣哭。」這兩段話，為往後的辯護定了基調。
蘇貞昌說，閱卷時，每個人的筆錄都厚厚一大疊。第一頁問：「你有沒有叛亂？」每個人都說：「沒有。」中間空白四十天，最後筆錄、自白書都承認叛亂。蘇說，可見期間受到多少折磨和逼供。
當局打算速審速結。二月二十日起訴，三月十八日開庭，辯護律師只剩不到一個月的準備時間。卷帙浩繁又要沙盤推演，壓力非同小可。
二月二十八日，林義雄下獄第七十七天，林太太方素敏赴軍事法庭參加第一次調查庭。同一天，林家發生慘絕人寰的滅門血案。林義雄的母親林游阿妹和雙胞胎女兒亭均、亮均，在光天化日之下，特務日夜監視的住宅之內，被刺身亡，大女兒奐均則被刺重傷送醫搶救中。痛上加慟，臺灣社會陷入深深的悲痛和恐懼。
當天深夜，林義雄交保，眾友人陪伴在側，但不知如何開口向他說明為何能交保出獄。林義雄的好友兼辯護律師江鵬堅日後回憶：「如果不是奐均奇蹟似死裡逃生，我確實憂心林義雄夫婦會相約自殺或者憂心成瘋。」
哀痛中，眾人忍悲繼續準備法庭對抗。尤清說，接受委任後，每天晚上大家在陳繼盛律師事務所開會，分工討論，研究《軍事審判法》、《刑事訴訟法》等。鄭勝助提出「積分制」看法：執政者有一本黨外人士的「積分簿」，積分夠了就抓。例如邱奕彬，根本沒去高雄，有何違法？抓與不抓，不在於有沒有參加人權日活動，而是根據「積分」。鄭勝助認定，這是人為加工的假案，目的在消滅黨外。
關於辯護策略，謝長廷提出「事件辯護」和「當事人辯護」兩個層次。若是當事人辯護，只為自己的當事人撇清，可能會造成當事人之間的矛盾；若是事件辯護，確定這是民主運動，不是叛亂事件，被告之間就沒有矛盾。黃信介的律師鄭慶隆說：「表面上，每個律師是為自己的被告辯護；其實，我們是替八名被告辯護。」
辯護策略又分兩個層面：政治辯護和法律辯護。法律辯護本是律師的專長，美麗島案用軍法起訴，法律面漏洞百出，法律辯護游刃有餘。但本案又是明顯的政治案件，法律辯護的效果有限。
至於政治辯護，律師團的策略，在強調被告是為了民主改革而奮鬥，被告沒有「叛亂」卻要被「亂判」。此外，不只要為被告辯護，還要宣揚被告的政治理念，這是政治辯護的著力處。
律師扛起法律辯護和政治辯護，但滔滔雄辯的，是當事人在法庭內外的表現。美麗島被告中，施明德最有可能被判死刑。偵訊二十幾天後，即移送警總軍法處的死囚房。他開始寫「政治遺囑」，洋洋四萬多字，交代後繼者注意事項。原本要做為最後陳述在庭上宣讀，後來得知發生林宅血案，驚慟之餘，放棄陳述，向庭上求處死刑。
軍法大審
1980 年三月十八日起，為期九天的美麗島案軍事審判，是改變許多人命運的九天，也是扭轉臺灣方向的九天。審判長是中校軍法官劉岳平，和四名審判官：傅國光、楊俊雄、徐文開、郭同奇；控方主任檢察官是中校蔡籐雄，軍事檢察官是少尉預官林輝煌。八名被告由十六位律師辯護。
當局開放媒體採訪，國際人權組織派員旁聽；沈君山教授、丁懋松律師、殷允芃女士代表社會人士列席。報紙幾乎全文刊登現場攻防言詞內容。沈君山每天向蔣經國簡報過程，蔣經國又詢問《中國時報》老闆余紀忠、《聯合報》老闆王惕吾等人的意見，也看了開庭的錄影帶。
軍事法庭氣氛肅殺，憲兵一字排開。當局打算透過酷刑嚴訊，讓八名被告卑躬屈膝俯首認罪求饒，藉由媒體傳播和法庭重判，警告臺灣人。
八名被告經過長期的刑求和隔離，身心被摧殘殆盡。律師們決定振奮鬥志，在被告面前以身作則，挑戰檢察官，挑戰軍事審判，挑戰戒嚴體制。
張俊雄認為：「這個案子，已經不可能無罪判決。那麼，讓人民瞭解、認同他們的政治主張，我們就贏了。」高瑞錚說，一切努力是為歷史做見證。軍事法庭審判被告，歷史也在審判軍事法庭。
律師們建立共識，不在《刑事訴訟法》或《軍事審判法》的層面辯護，而是提升到憲法層面。因為軍事審判所憑據的，正是國民黨長期的「非法戒嚴」和架空憲法的「非常體制」。若不直搗體制，辯護只是隔靴搔癢。
一開庭，律師團就直接質疑軍事法庭的審判權；其次，挑戰戒嚴令的合法性；第三，強調不應由警總層次的法庭來審判，應由高等法院來審判。律師團除了質疑自白書的任意性，也要求傳訊三十幾名證人，要求到高雄現場履勘。軍事法庭都拒不採納。
被告方面，呂秀蓮回憶說，先前得知「二條一」起訴，心想完了，唯一死刑。但看到辯護律師的優秀表現，得到很大的鼓舞。她在庭上率先說明被刑求逼供，其他被告也逐一翻供。
「公開審判前，我們的資訊非常少，但從沒有放棄希望。」張俊宏說：「我已了悟：無罪是不可能的，自我入罪以免其刑，也是不可能的。那麼，就大膽地把想說的真話都說出來。」最後陳述時，他說：「我對理想執著，但對現實則悲觀保守，十年來像烏鴉一樣講了許多話，都是基於此種心態……臺灣要走真正民主化的道路，還有一段距離，需要有人犧牲，但願我們是最後的一批。」
施明德陳述兩個重點。第一，長期從事反對運動，心中都有一個沉重的負擔，不可因為批判國民黨，而讓共產黨有藉口占領臺灣；民主化慢一點沒關係，但若是讓中國來占領，就什麼機會都沒有了。第二，臺灣應該獨立，且事實上臺灣已經獨立三十年了，即中華民國模式的臺灣獨立。
林義雄的最後陳述，引英國哲學家羅素的話：「我隱隱地看到一個充滿喜樂的世界，在那裡心靈得以擴展，希望無窮；任何高貴的行為，都不會被曲解為企圖達到卑鄙目的的手段。」他說：「我喜歡這句話，因為我從政的目的就在追求這樣一個喜樂的世界。」
沈君山在旁聽席九天，他說：「施明德講合法顛覆政府，侃侃而談，一大套理論。也許當時他想反正死定了，根本置生死於度外。」
殷允芃說：「最慷慨激昂的是陳菊。她很大器，很誠實。在所有講話的人當中，我感覺她最像秋瑾，豁出去了，好像要跟大家告別。」
透過報紙的全文登載，律師團和被告對民主的理想、對人權的主張、對自由的堅持，以及對臺灣前途的願景，首次高分貝的，不被遮掩的，傳達給這塊土地的所有人民。臺灣民主運動所有重要的主張，都在法庭上一一陳述。軍事法庭儼然成為黨外政見的國家級發表會。
透過這場大審，許多人第一次認識他們原先誤解、不解的黨外，許多人第一次見識民主人權的價值，更有許多人心頭翻攪著對臺灣的愛痛與傷悲。在臺灣民主運動史上，這是一場震撼教育，引爆的能量將在 1980 年代源源不斷的釋放。
四月十八日，軍法大審宣判。八人都以「二條一」判處重刑，但都死裡逃生。其中，施明德判無期徒刑，黃信介判十四年有期徒刑，其餘六人判十二年有期徒刑。
五月三十日，本案覆判定讞，維持原判。覆判聲請書是律師團集體心智的結晶，高瑞錚負責撰寫。高瑞錚說，聲請書如今來看，很有歷史價值，一種里程碑的意涵，美國國務院有翻譯和存檔。
司法審判
軍法審判結束後，三月三十一日，移撥到司法審判的三十七名被告，蘇慶黎、范巽綠等四人獲不起訴處分，其餘三十三人被起訴。罪名是暴行脅迫、妨害公務、公共危險等。相對於軍法審判的恐怖肅殺，司法審判的氣氛明顯和緩，判刑也較輕。
軍法大審律師團的尤清、謝長廷、蘇貞昌、江鵬堅、郭吉仁、李勝雄、呂傳勝、鄭勝助、高瑞錚，繼續為司法被告辯護；另外又加入洪貴參、林明華、吳誠修、林勤綱、李聖隆、丁俊文、郭惠吉、陳錦隆、陳紹淇、林昇格、黃德財、李達夫等十二名律師，和公設辯護人王源昆。
司法大審的辯護重點，在於被告有沒有用暴力妨害秩序。審判過程比軍事法庭重視程序正義，也傳憲兵來訊問。
被告吳振明當庭把血褲拿出來，證明他如何被刑求到下體流血。他只是圍觀的計程車司機而已，卻被判了三年。李勝雄說：「司法審判時被告都非常激憤，很多人開罵，罵三字經，罵法官。」
尤清還記得，被告陳福來的父親在高雄賣蚵仔麵線，一邊流淚一邊對他說：「我這個兒子沒有用，不過我覺得很高興，因為他跟國民黨對抗，我生這個兒子就甘願了。」
中壢事件、美麗島事件、林宅血案、陳文成、鄭南榕、黑名單，是彼時臺灣的重要關鍵字。從社會、媒體到校園，臺灣幾乎每個層面都在民主改革的浪潮中奮勇向前。在不間斷的追求與衝撞之下，臺灣終於打破一黨獨裁的政治局面，黨外諸多力量匯聚、成立正式的反對黨，也迫使獨裁政權做出讓步，結束三十八年又五十六天的戒嚴時期。民主、平等與自由的夢想，三代臺灣人的「百年追求」，自此終有成果。
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